JC小讲堂|徐开宇同学分享灵长类动物大脑发育的基因转录图谱

  • 雷孟龙 (生命科学学院)
  • 创建于 2016-12-12
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124日晚630分,JC如约而至,来自中科院昆明动物所的徐开宇同学在国科大雁栖湖校区教二227为同学们带来了主题为灵长类动物大脑发育的基因转录图谱的报告。

长久以来,人类对大脑的探索从未停息过,对于大脑发育,尤其是人类及其近亲非人灵长类的大脑发育过程中基因转录的基本知识,我们仍然知之甚少。因此本周502JC小讲堂选择了近期nature杂志上刊登的有关灵长类动物大脑发育过程中的高清晰度转录图谱的文章进行探讨和学习。这篇文献向我们描绘了猕猴大脑发育过程中的高清晰度转录图谱,该图谱来源于产前期及产后期密集时间采样的数据,并且对皮层与皮层下区域进行了基于人类神经精神性疾病的精细解剖学划分。并通过对人类神经发育异常(包括先天性小头畸形、泛自闭症障碍、智力障碍及精神分裂症等)的候选风险基因在发育的新皮层中表现出的疾病特异性的时空富集进行了探讨。最后,在对比了啮齿类、非人灵长类和人类的发育表达轨迹后发现人类与猴更为相似,但还是有约9%的基因表现出人类特有的调控形式,表现为比猴更长的成熟过程。

本次报告涉及的知识面很广,由两个互相关联的部分组成:(1)灵长类动物大脑发育;(2)基因转录图谱。由于信息量太大,同学们虽然十分努力的跟着徐开宇同学的思路在理解,但是还是有很多内容没有梳理清楚。但通过此次讲座,为我们以后的JC选材提供了指导思路,注意文章的选材,也让同学们在交流前做好准备工作。

回顾第五期JC,主讲人是来自昆明动物所的郭璐同学,他通过两篇文献《A novel antisense long noncoding RNA within the IGF1R gene locus is imprinted in hematopoietic malignancies》和《Aberrant allele-switch imprinting of a novel IGF1R intragenic antisense non-coding RNA in breast cancers》,带我们慢慢领略lncRNA和印记基因之间的剪不断,理还乱的故事。

首先,郭璐同学给大家科普了一下印记基因,印记基因是指等位基因中来自父本的基因表达而来自母本的基因不表达或另一相反的情况。出现这种情况的主要是因为来自父方和母方的等位基因在通过精子和卵子传递给子代时发生了修饰,使带有亲代印记的等位基因具有不同的表达特性,这种修饰常为DNA甲基化修饰,也包括组蛋白乙酰化及其甲基化等修饰。然后郭璐同学就开始了漫长的从实验机理到实验步骤再到实验逻辑并最终走向实验结果的文献讲述之路,现将主要内容归纳如下:该论文可以分为两大部分,第一大部分为探究IGF1R基因与IRAIN lncRNA之间的相互关系,这一部分通过1用逆转录PCR找出lncRNA与基因的作用位点。2lncRNAcDNA逆转录出来后,利用等位基因间的SNP差异,用限制性内切酶酶切作用位点后进行PCR,找出带印记的染色体。3通过染色体构象捕获技术(3C)研究lncRNA对基因表达的调控机制。第二大部分为研究lncRNA在肿瘤中的表达情况,发现癌细胞中的IRAIN lncRNA的表达水平显著降低,从而提出其表达水平可能可以作为新的癌症预测指标。在郭璐同学的耐心讲解和一众小伙伴们的热烈讨论中,文章的实验原理、实验思路以及最后结论清晰了然。

最后,第七期JC将会继续准时在1211号,星期天晚上630的教二211与大家见面。这次我们会有一个轻松愉快的话题,由宏观组的黎思涵同学带来的--鸟类的研究及追踪器的使用,同时,我们将会加播一个应用SPSS软件进行主成分分析的实例演示,欢迎各位感兴趣的同学加入我们一起学习!我们的群号是:576326876

责任编辑:王亭亭